GPjM FT merupakan organisasi penjaminan mutu akademik yang dalam bekerjanya senantiasa berkoordinasi dengan LPjM di tingkat UNJ. Pelaksanaan sistem penjaminan mutu dilakukan untuk peningkatan mutu melalui rangkaian kegiatan yang berjalan secara berkesinambungan dan komprehensif. Pelaksanaan sistem penjaminan mutu terdiri dari: penetapan standar, pelaksanaan standar, pengendalian standar, dan peningkatan standar.
Dalam lingkup universitas, hingga tahun 2009 UNJ telah memiliki 21 (dua puluh satu) standar mutu, yaitu:
1) standar visi, misi dan tujuan, 2) standar sarana dan prasarana, 3) standar tata kelola, 4) standar evaluasi diri internal, 5) standar monitoring dan evaluasi, 6) standar peningkatan mutu dan benchmarking, 7) standar audit mutu akademik internal, 8) standar praktik profesi guru, 9) standar kinerja, 10) standar kurikulum, 11) standar proses pembelajaran, 12) standar kemahasiswaan, 13) standar dosen, 14) standar manajemen kelembagaan, 15) standar sistem informasi, 16) standar suasana akademik, 17) standar keuangan, 18) standar penilaian pendidikan, 19) standar kerja sama dalam dan luar negeri, 20) standar penelitian dan 21) standar pengabdian pada masyarakat.
Berdasarkan SK Dekan FT UNJ, No.103a/SP-FT/2014 Tanggal 08 Juli 2014 Tentang Pengangkatan Tim Kerja Gugus Penjaminan Mutu Fakultas Teknik Universitas Negeri Jakarta Periode 2013-2017.
Program studi yang telah melaksanakan audit mutu akademik internal (AMAI) dan Audit Mutu Eksternal oleh SGS :